L’Agence de l’efficacité énergétique a comme ministre responsable, madame Nathalie Normandeau, ministre des Ressources naturelles et de la Faune.
Elle est administrée par un conseil d’administration composé d'au moins sept membres et d'au plus dix membres nommés par le gouvernement pour une période maximale de quatre ans.
La structure organisationnelle de l'Agence (PDF | 1.5 Mo) est constituée de trois directions générales et de deux directions relevant de la présidente-directrice générale.